Leider gibt es im Obstanbau etliche Schädlinge, die nach einer verheißungsvollen Blüte der Bäume den Fruchtertrag schmälern oder sogar ganz zunichte machen können. Häufige tierische Gäste in den Gärten sind die Wühlmäuse, die gern am Stammgrund und an den Wurzeln nagen, was zum Absterben des Obstbaumes führen kann. Am Sichersten können sie durch Aufstellen von Fallen bekämpft werden.
Eine ganz andere Art von Falle ist die Gelbfalle, die gegen die Kirschfruchtfliege eingesetzt wird. Die Kirschfruchtfliege legt ihre Eier bei Beginn der Fruchtfärbung in den Kirschen ab. Die reifen Früchte enthalten dann eine kleine weißliche Made. Bei der Gelbfalle handelt es sich um eine gelbe, mit Leim bestrichene Tafel, die vor Beginn der Fruchtfärbung in die Kirschenbäume gehängt werden. Anstatt auf die gelb gefärbten Früchte setzen sich die Fliegen auf die Gelbfallen und legen dort ihre Eier ab. Einen hundertprozentigen Schutz bieten die Gelbfallen allerdings nicht.
Apfelbäume können vom Apfelblütenstecher und später auch von Apfelwicklern befallen werden. Wurden die Blütenknospen vom Schädling angestochen, öffnen sie sich nicht und es bildet sich keine Frucht. Die Larve des Apfelwicklers hingegen schädigt die Früchte, indem sie sich in das Innere der Früchte hineinfrisst. Ein spezieller Schädling an Pflaumenbäumen ist die Pflaumensägewespe. Ein Befall ist daran zu erkennen, dass die angestochenen Früchte bereits in einem ganz jungen Stadium massenhaft von den Bäumen abfallen.
Alle Obstbaumsorten können von saugenden Schädlingen wie Blattläusen, Schildläusen oder Blutläusen befallen werden, die sich vom Pflanzensaft an Blättern und Triebspitzen ernähren und dadurch den betroffenen Baum erheblich schädigen können. Will man den Schädlingen mit chemischen Bekämpfungsmitteln beikommen, sind gesetzlich vorgeschriebene Wartezeiten bis zur Ernte einzuhalten. Besser ist da eine Bekämpfung mit alten Hausmitteln oder biologischen Bekämpfungsmitteln, die in jedem guten Fachhandel erhältlich sind.